Concordo con Claudio quando afferma che il confronto con i dati sperimentali mette in discussione le leggi empiriche di una teoria e non le sue entita' teoriche.
Il caso che ho presentato, riguardante il ruolo della forza a tre corpi nelle teorie a molticorpi, mi sembra un buon esempio di uso del falsificazionismo nella scienza. In questa situazione il disaccordo tra teoria e esperimento e' stato prima affrontato cambiando (migliorando) l'interazione a due corpi. Questo significa che la responsabilita' del disaccordo e' stata prima attribuita alle condizioni al contorno utilizzate e non alle leggi che stanno alla base della teoria. Solo dopo essersi resi conto del fallimento di questa procedura si e' messa in dubbio una delle ipotesi della teoria, guarda caso quella meno astratta, o piu' fenomenologica: l'assenza di struttura interna nei protoni e neutroni.
L'altro aspetto studiato, e ancora sotto studio, riguarda il ruolo degli effetti relativistici nella teoria. Anche in questo caso sono in discussione le leggi empiriche. La struttura teorica di base (validita' della meccanica quantistica, uso di funzioni d'onda per descriviere stati del sistema, ecc. ) non e' mai stata messa in discussione.

Traendo qualche conclusione da questo pezzo di storia della fisica dei molticorpi degli ultimi 20 anni, concluderei che il falsificazionismo viene applicato a livello di leggi empiriche che vengono modificate mentre le strutture portanti della teoria sono lasciate intatte.